El 29 de noviembre de 2007 se publicó en el Periódico Oficial del Estado de Chiapas número 065, el Decreto 004 que reforma, deroga y adiciona diversas disposiciones de la Constitución Política del Estado de Chiapas, mediante el cual se extingue la Contraloría de la Legalidad Electoral y se crea la Comisión de Fiscalización Electoral, para entrar en funciones el día 1º de enero de 2008, en términos del artículo quinto transitorio del referido Decreto. El 21 de noviembre del 2012, fue creado el Instituto de Investigaciones y Posgrados Electorales, bajo el auspicio de la Comisión de Fiscalización Electoral, con el objetivo de desarrollar programas de formación y profesionalización en el área de las ciencias sociales en general, y de manera específica, en el campo jurídico electoral; para ello, se diseñó el programa de la Maestría en Derecho Procesal Constitucional y Electoral, con la firme intención de promocionar la cultura política democrática. El 27 de noviembre de 2012, se obtuvo el Reconocimiento de Validez Oficial de Estudios (RVOE), con el número de acuerdo PSU-340/2012, de clave del centro de trabajo: C.C.T.07PSUO167M, que lo facultaba para impartir la Maestría en Derecho Procesal Constitucional y Electoral.
El 25 de junio de 2014, al entrar en vigor el Decreto no. 514, por el que se reforma la Constitución Política del Estado de Chiapas en materia electoral, publicado en el Periódico Oficial del Estado No. 115, 4ª. sección, de fecha 25 de junio del 2014, y en cumplimiento al Artículo Quinto Transitorio del citado decreto, se extinguió la Comisión de Fiscalización Electoral y todos sus recursos humanos, materiales, financieros y presupuestales, incluido el Instituto de Investigaciones y Posgrados Electorales, pasaron a formar parte del Instituto de Elecciones y Participación Ciudadana del Estado de Chiapas. El 26 de agosto de 2014, se obtuvo la actualización del Acuerdo de Reconocimiento de Validez Oficial (RVOE) ante la Dirección de Planeación de la Subsecretaría de Planeación Educativa de la Secretaría de Educación del Estado y la emisión del RVOE, con el número de acuerdo PSU-110/2014, en el que se reconoce la personalidad jurídica ante esa instancia del Instituto de Elecciones y Participación Ciudadana. Mediante Decreto número 239, publicado en el Periódico Número 305, de fecha 22 de septiembre de 2023, en el Libro Cuarto, de las Autoridades Electorales, se reubicó al Instituto de Investigaciones y Posgrados Electorales, pasándolo al Tribunal Electoral para que se convierta en la institución responsable de la capacitación y profesionalización de todas las personas integrantes del mismo, del órgano administrativo y de quienes aspiren a fortalecer su preparación académica en el área jurídica electoral. El objetivo del Instituto de Investigaciones y Posgrados Electorales es desarrollar un nuevo perfil de profesionales especializados con los más altos estándares técnicos y calidad humana, a través de programas académicos de excelencia, siguiendo la experiencia existente en el ámbito federal.
El Artículo 103, numeral 1, de la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales del Estado de Chiapas, señala que el Tribunal Electoral es la autoridad jurisdiccional especializada en materia electoral en el Estado de Chiapas, dotado de plena jurisdicción, que tiene a su cargo garantizar que todos los actos y resoluciones electorales locales y de los procedimientos de participación ciudadana, que sean de su competencia, se sujeten al principio de constitucionalidad, convencionalidad y legalidad. Goza de autonomía en su funcionamiento e independencia en sus decisiones, debiendo cumplir sus funciones bajo los principios de certeza, imparcialidad, objetividad, legalidad y probidad. Y el numeral 2 del mismo Artículo indica que, para su organización, el Tribunal Electoral está estructurado por el Pleno, los Órganos ejecutivos que son la Secretaría General y la Secretaría Administrativa, las Ponencias, la Contraloría General y el Instituto de Investigaciones y Posgrados Electorales. El Artículo 101 de la Constitución Política del Estado de Chiapas, en su segundo párrafo, señala que el Tribunal Electoral del Estado de Chiapas es un organismo constitucional autónomo, de carácter permanente con personalidad jurídica y patrimonio propios, independiente en sus decisiones que será la máxima autoridad jurisdiccional en la materia, con la jurisdicción y competencia que determinen la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, las Leyes Generales, esta Constitución y la ley local de la materia. Contará con el personal jurídico y administrativo necesario para su adecuado funcionamiento.
En ese sentido, el Instituto de Investigaciones y Posgrados Electorales, al pertenecer al Tribunal Electoral del Estado de Chiapas, obtiene sus recursos de este órgano jurisdiccional, y también, a través del pago de inscripciones y colegiaturas de las personas que cursan la Maestría en Derecho Constitucional y Electoral.